为确保微生态调节剂的疗效，必须合理使用，具体要求：
    一是要根据用药目的确定服药时间。对菌群失调引起的肠炎、急慢性腹泻、应作首选并按疗程应用;为改进机体的营养状态，如保肝、护肝、防治肝昏迷、延缓衰老和养颜，则应作为辅助用药与主药一起长期坚持服用。
    二是应用以活菌形式为制剂有效成分的微生态调节剂时，应避免与抗菌药物配伍使用。如确需与抗菌药物联用时，则应选用非活菌制剂乐托尔。
    三是为避免微生态失衡，应尽量选用窄谱的抗菌药;全身性或肠道以外的局部感染，应尽力避免口服应用抗菌药。