(1)传播疾病，蝇类能机械性携带、传递的病原体甚多，主要是肠道传染病，如痢疾、伤寒、脊髓灰质类等的病原体，还有雅司、砂眼、结核病等的病原体，最近已有报道从传染病医院等地采获的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇的组织匀浆沉淀物中检测出乙型肝炎表面抗原（HbsAg）。 (2)蝇类幼期寄生于人、畜活体组织或肠道的蝇蛆症，危害也很大，特别是对畜牧业。按寄生的不同种类、不同部位、不同程度可区分各类蝇蛆症。再其次是骚扰吸血，吸血蝇主要是对家畜的危害，吸血骚扰可使产肉量和产奶量大幅度下降，给畜牧业带来损失。