因为女孩的尿道短而宽(仅2～3厘米)，尿道括约肌薄弱，细菌很容易从尿道侵入膀胱。其次，女孩的尿道口与阴道、肛门靠得较近，易受大便及其他脏东西污染，如使用不清洁的尿布，穿开裆裤而又随地坐等就容易感染细菌、霉菌及滴虫等。 另外，人体的膀胱和输尿管连接部位有一个“活瓣”，小婴儿这个活瓣作用较弱，当排尿时，尿液从膀胱逆流至肾脏，阅菌也随尿液上行到肾脏引起感染。其他引起泌尿系感染的原因还有尿道梗阻因素，如先天性膀胱颈梗阻、尿道狭窄、尿路异物、尿路结石、男孩包茎或包皮过长等都会引起尿道不通畅和局部尿液淤积，细菌容易在这些地方生长繁殖而发生感染，一旦感染形成也不易治愈。