潜伏2~20日，平均7~10日。初期仅有低热、咳嗽、喷嚏、流泪和乏力等。单声干咳，2~3日后热退，咳嗽加剧，尤以夜晚为甚。此期传染性最强，若能及时治疗效果也最好。随后虽已不发热，但出现特征性的阵发性、痉挛性咳嗽，即连续10余声至20-30声短促的咳嗽后发出鸡鸣样吸气声，紧接着又是阵咳，如此反复，并以夜间为多。由于痉咳可出现面红耳赤、颈静脉怒张、颜面浮肿，球结膜下出血、鼻衄等。一般持续2~3周后咳嗽好转。严重者可并发支气管肺炎、肺气肿、肺不张、百日咳脑病等。