北京天坛医院在医药分开试点工作中，充分发挥信息系统的强大优势，在部分门诊科室试行电子病历和协议处方，以规范医疗行为，提高医疗服务质量。

传统的门诊病历模式是手工书写，这种模式容易出现患者辨认不清；对于诊断和治疗溯源性差；医院点评处方欠缺依据等弊端。为了适应当前医改的需求，加强对处方的科学化管理，北京天坛医院在神经内科门诊电子病历较成熟的基础上，进一步在普通外科、乳腺科、泌尿科、骨科、呼吸科、肾内科、血液科等科室推广。

门诊病历要求简明扼要、重点突出。为了加快医师书写速度，节省患者等候时间，北京天坛医院信息中心开发了表格式门诊电子病历；培训各科质控医师，针对科室常见病种，设计了不同的病历模板。医师在完成门诊电子病历书写之后，才能开具诊断和处方。患者的门诊电子病历将在医院信息系统中长期保存，即使患者忘记带病历本，甚至遗失病历本，医师仍然可以在信息系统中调阅患者在本院的历次门诊记录。

协议处方则是北京天坛医院依托强大的信息系统，在门诊实行电子病历基础上推出的，以循证医学为基础，根据国内外疾病诊疗指南及医院实际情况，临床科室医师和药师共同拟定，在门诊信息系统推荐开立，既能缩小实践与指南之间的差距，又能提高医师工作效率。